README.md

@@ -118,7 +118,7 @@ cd frontend
 pnpm test
 ```
 
-当前回归基线为后端 87 项测试、前端 27 项测试，且生产构建通过。测试数量会随功能增长，以本地实际输出和 CI 为准。
+当前回归基线为后端 91 项测试、前端 27 项测试，且生产构建通过。测试数量会随功能增长，以本地实际输出和 CI 为准。
 
 构建产物位于 `frontend/dist`，该目录不提交到 Git。
 

backend/README.md

@@ -23,7 +23,7 @@ uv run uvicorn app.main:app --reload --host 127.0.0.1 --port 8000
 uv run pytest
 ```
 
-当前基线为 87 项测试通过。Provider API Key 可通过前端设置页写入，也可用 `OPENAI_API_KEY`、`DEEPSEEK_API_KEY` 或 `AINOTE_CREDENTIAL_<ID>` 注入；不要把真实密钥写入仓库。
+当前基线为 91 项测试通过。Provider API Key 可通过前端设置页写入，也可用 `OPENAI_API_KEY`、`DEEPSEEK_API_KEY` 或 `AINOTE_CREDENTIAL_<ID>` 注入；不要把真实密钥写入仓库。
 
 团队接口清单见 `../docs/contracts/后端接口契约-开发版.md`，机器可读契约以运行时的 `/openapi.json` 为准。
 

backend/app/extensions/mcp.py

@@ -188,7 +188,7 @@ class McpStdioClient:
         result = response.get("result")
         if not isinstance(result, dict):
             raise McpBridgeError(
-                "MCP_TOOL_CALL_FAILED", "MCP response result must be an object."
+                response_error_code, "MCP response result must be an object."
             )
         return result
 
@@ -207,9 +207,18 @@ class McpStdioClient:
         except McpBridgeError:
             pass
 
-    def abandon(self, request_id: int) -> None:
+    def abandon(
+        self, request_id: int, wake_error: BaseException | None = None
+    ) -> None:
         with self._pending_lock:
-            self._pending.pop(request_id, None)
+            pending = self._pending.pop(request_id, None)
+        # asyncio.to_thread 被取消时不会停止底层线程；主动唤醒 Queue，避免线程
+        # 一直占用默认线程池直至远端超时。
+        if pending is not None and wake_error is not None:
+            try:
+                pending.response.put_nowait(wake_error)
+            except queue.Full:
+                pass
 
     def stop(self) -> None:
         process = self.process
@@ -258,7 +267,15 @@ class McpStdioClient:
         assert process is not None and process.stdout is not None
         failure: str | None = None
         try:
-            for raw_line in process.stdout:
+            while True:
+                # readline(size) 在换行缺失时仍有硬上限，不能先把任意大的
+                # 第三方 stdout 行完整读入宿主内存再检查。
+                raw_line = process.stdout.readline(MAX_MCP_MESSAGE_BYTES + 1)
+                if raw_line == "":
+                    break
+                if not raw_line.endswith("\n"):
+                    failure = "MCP server emitted an oversized or unterminated message."
+                    break
                 if len(raw_line.encode("utf-8")) > MAX_MCP_MESSAGE_BYTES:
                     failure = "MCP server emitted an oversized protocol message."
                     break
@@ -313,7 +330,12 @@ class McpStdioClient:
         process = self.process
         assert process is not None and process.stderr is not None
         try:
-            for line in process.stderr:
+            while True:
+                # stderr 不是协议通道，但同样按块读取，避免无换行日志造成
+                # 宿主侧的无界字符串分配。
+                line = process.stderr.readline(1025)
+                if line == "":
+                    break
                 self._stderr_tail.append(line.rstrip()[:1024])
         except (OSError, ValueError):
             return
@@ -489,7 +511,12 @@ class McpBridge:
             )
         except asyncio.CancelledError:
             host.client.cancel(rpc_id)
-            host.client.abandon(rpc_id)
+            host.client.abandon(
+                rpc_id,
+                McpBridgeError(
+                    "MCP_TOOL_CALL_FAILED", "MCP request was cancelled."
+                ),
+            )
             raise
         except McpBridgeError as exc:
             raise ToolExecutionError(exc.code, exc.message) from exc

backend/app/extensions/runtime.py

@@ -479,6 +479,17 @@ class PluginRuntime:
                 status_code=409,
                 details={"plugin_id": plugin_id},
             )
+        if record.plugin.status in {
+            PluginStatus.installed,
+            PluginStatus.disabled,
+            PluginStatus.permission_required,
+        }:
+            raise ExtensionError(
+                "PLUGIN_HOST_UNAVAILABLE",
+                "Disabled or inactive MCP Plugins must be started with Enable.",
+                status_code=409,
+                details={"plugin_id": plugin_id, "status": record.plugin.status.value},
+            )
         for name in record.registered_tools:
             self.registry.unregister(name)
         record.registered_tools.clear()
@@ -664,7 +675,9 @@ def _arguments_model_from_schema(
         annotation = types.get(field_schema.get("type"), Any)
         fields[name] = (annotation, ... if name in required else None)
     model_name = "PluginArgs_" + re.sub(r"\W+", "_", tool_name)
-    return create_model(model_name, __config__=ConfigDict(extra="forbid"), **fields)
+    # 完整 JSON Schema 已在 ToolRegistry 中先行校验。这里允许额外字段，避免
+    # Pydantic 再次拒绝 additionalProperties/patternProperties 接受的合法参数。
+    return create_model(model_name, __config__=ConfigDict(extra="allow"), **fields)
 
 
 def _validate_tool_schema(spec: DeclarativeToolSpec) -> None:

backend/extensions/fixtures/mcp-echo/server.py

@@ -135,6 +135,15 @@ def main() -> None:
         request_id = message.get("id")
         params = message.get("params") or {}
         if method == "initialize" and isinstance(request_id, int):
+            if MODE == "invalid-result":
+                send({"jsonrpc": "2.0", "id": request_id, "result": None})
+                continue
+            if MODE == "oversized-stdout":
+                # 不带换行，验证 Host 在读取完整内容前执行硬上限。
+                sys.stdout.write("x" * (2 * 1024 * 1024 + 1))
+                sys.stdout.flush()
+                time.sleep(10)
+                return
             respond(
                 request_id,
                 {

backend/tests/test_extension_core.py

@@ -1,5 +1,6 @@
 import asyncio
 import shutil
+import threading
 import time
 
 import pytest
@@ -14,6 +15,8 @@ from app.contracts import (
     ToolCall,
 )
 from app.extensions import ExtensionError
+from app.extensions.mcp import McpStdioClient
+from app.extensions.runtime import _arguments_model_from_schema
 from app.services import note_service
 from app.config import BACKEND_DIR, get_settings
 
@@ -362,6 +365,11 @@ def test_mcp_stdio_host_discovers_namespaced_tools_and_maps_results(
         assert disabled.status == "disabled"
         assert mcp_container.plugins.get_host_status("mcp-fixture").status == "stopped"
         assert not mcp_container.tools.contains("mcp-fixture.echo")
+        with pytest.raises(ExtensionError) as exc:
+            mcp_container.plugins.restart_host("mcp-fixture")
+        assert exc.value.code == "PLUGIN_HOST_UNAVAILABLE"
+        assert mcp_container.plugins.get("mcp-fixture").status == "disabled"
+        assert not mcp_container.tools.contains("mcp-fixture.echo")
 
     run(scenario())
 
@@ -438,6 +446,56 @@ def test_mcp_business_error_size_limit_and_timeout_are_structured(mcp_container)
     run(scenario())
 
 
+def test_mcp_cancel_releases_blocking_response_thread(
+    mcp_container, monkeypatch
+) -> None:
+    async def scenario() -> None:
+        mcp_container.plugins.enable("mcp-fixture")
+        released = threading.Event()
+        original_wait = McpStdioClient.wait_response
+
+        def tracked_wait(self, *args, **kwargs):
+            try:
+                return original_wait(self, *args, **kwargs)
+            finally:
+                released.set()
+
+        monkeypatch.setattr(McpStdioClient, "wait_response", tracked_wait)
+        task = asyncio.create_task(
+            mcp_container.plugins.mcp.call_tool(
+                "mcp-fixture",
+                "sleep",
+                {"seconds": 5},
+                request_id="call_cancel_release",
+            )
+        )
+        await asyncio.sleep(0.05)
+        task.cancel()
+        with pytest.raises(asyncio.CancelledError):
+            await task
+
+        deadline = time.monotonic() + 0.5
+        while not released.is_set() and time.monotonic() < deadline:
+            await asyncio.sleep(0.01)
+        assert released.is_set(), "cancelled MCP wait must not occupy a worker until timeout"
+
+    run(scenario())
+
+
+def test_mcp_argument_model_preserves_json_schema_additional_properties() -> None:
+    arguments_model = _arguments_model_from_schema(
+        "mcp-fixture.dynamic",
+        {
+            "type": "object",
+            "additionalProperties": {"type": "string"},
+        },
+    )
+
+    arguments = arguments_model.model_validate({"dynamic_key": "value"})
+
+    assert arguments.model_dump() == {"dynamic_key": "value"}
+
+
 def test_mcp_abnormal_exit_unregisters_tools_and_restart_recovers(mcp_container) -> None:
     async def scenario() -> None:
         mcp_container.plugins.enable("mcp-fixture")
@@ -471,9 +529,11 @@ def test_mcp_abnormal_exit_unregisters_tools_and_restart_recovers(mcp_container)
     [
         ("no-tools", "[]", "MCP_CAPABILITY_UNSUPPORTED"),
         ("invalid-schema", "[mcp-invalid.broken]", "MCP_TOOL_SCHEMA_INVALID"),
+        ("invalid-result", "[]", "MCP_INITIALIZE_FAILED"),
+        ("oversized-stdout", "[]", "PLUGIN_HOST_UNAVAILABLE"),
     ],
 )
-def test_mcp_rejects_missing_capability_and_invalid_discovery(
+def test_mcp_rejects_invalid_initialization_and_discovery(
     tmp_path, mode, contributions, expected_code
 ) -> None:
     package = tmp_path / f"mcp-{mode}"

docs/architecture/AI笔记软件技术栈说明-团队版-v2.3.md

@@ -2323,7 +2323,7 @@ Markdown Workspace
 
 第一阶段 Plugin Runtime 已完成安装、启用、停用、权限和声明式 Tool 注册，建立 Skill 调用 Plugin Tool 的基础链路。Command、Settings 和 MCP 执行不计入第一阶段完成项。
 
-截至 2026-09-01，上述第一阶段后端链路和 Web 联调前端均已完成；第二阶段前置的 Workspace 去 Mock 联调、Agent Trace 持久化/恢复接口以及 stdio MCP Bridge / Plugin Host 也已完成。当前验证基线为后端 87 项测试、前端 27 项测试及生产构建通过。向量链路当前使用 `HashEmbeddingProvider` 验证工程正确性，真实 Embedding 召回质量不属于该测试结论。
+截至 2026-09-01，上述第一阶段后端链路和 Web 联调前端均已完成；第二阶段前置的 Workspace 去 Mock 联调、Agent Trace 持久化/恢复接口以及 stdio MCP Bridge / Plugin Host 也已完成。当前验证基线为后端 91 项测试、前端 27 项测试及生产构建通过。向量链路当前使用 `HashEmbeddingProvider` 验证工程正确性，真实 Embedding 召回质量不属于该测试结论。
 
 第二阶段在既有 Contract 上接入：
 

docs/contracts/后端接口契约-开发版.md

@@ -176,7 +176,7 @@ RunCancelled
 
 ## 当前实现状态
 
-更新至 2026-09-01：后端 87 项回归测试通过。
+更新至 2026-09-01：后端 91 项回归测试通过。
 
 - Chat、Agent Run、Agent Events、Tool 列表、Provider 配置生命周期、模型列表和连接测试已经接入 AI Core。
 - Agent Run/Event 已持久化到 SQLite；SSE 帧携带 sequence `id`，断线后可以回放缺失事件。Trace API 与 Benchmark 共用同一事件事实，并在入库前执行 Secret 脱敏和结果限长。

docs/contracts/第二阶段接口契约-开发版.md

@@ -427,7 +427,7 @@ class McpBridge(Protocol):
     async def stop(self, plugin_id: str) -> None: ...
 ```
 
-首个实现已支持本地 `stdio`，按 MCP `2025-11-25` 发起 initialize，并兼容 `2025-06-18`、`2025-03-26` 和 `2024-11-05` 协商结果。Host 负责 capability negotiation、分页 `tools/list`、进程生命周期、超时取消、stderr 隔离和异常退出后的 Tool 注销。stdio 消息使用 UTF-8 单行 JSON-RPC；当前不实现 Streamable HTTP。
+首个实现已支持本地 `stdio`，按 MCP `2025-11-25` 发起 initialize，并兼容 `2025-06-18`、`2025-03-26` 和 `2024-11-05` 协商结果。Host 负责 capability negotiation、分页 `tools/list`、进程生命周期、超时取消、stderr 隔离和异常退出后的 Tool 注销。stdio 消息使用 UTF-8 单行 JSON-RPC，并在完整行进入内存前执行有界读取；当前不实现 Streamable HTTP。
 
 MCP Plugin 的 `backend` 增加：
 
@@ -482,7 +482,7 @@ error
 
 `POST /api/plugins/{plugin_id}/host/restart` 返回 `202 OperationResponse`。重启期间先注销旧 Tool，发现和校验全部成功后再一次性发布新 Tool 集合，避免半注册状态。
 
-当前实现还返回协商后的 `protocol_version`、`server_name` 和 `server_version`。单条协议消息上限为 2 MiB，单次 Tool Result 上限为 256 KiB；超限分别按 Host/Result 错误处理。Server 异常退出或发送无效 stdout 消息时，Host 进入 `unhealthy`，Plugin 进入 `error`，相关 Tool 立即注销。
+当前实现还返回协商后的 `protocol_version`、`server_name` 和 `server_version`。单条协议消息上限为 2 MiB，单次 Tool Result 上限为 256 KiB；超限分别按 Host/Result 错误处理。Server 异常退出或发送无效 stdout 消息时，Host 进入 `unhealthy`，Plugin 进入 `error`，相关 Tool 立即注销。取消会同时通知 Server、移除 pending request 并唤醒本地等待线程。Restart 不得把 `installed`、`disabled` 或 `permission_required` Plugin 隐式启用，这些状态必须走 Enable。
 
 ### 7.3 Command Contribution 列表
 

docs/development/AI-Core与Agent-Core开发说明.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 > 本文档用于团队开发和模块联调，记录当前已经落地的核心边界与使用方式。
 
-> 更新日期：2026-09-01。第一阶段 AI Core、Agent Core、Extension Core 和 Model Core 主链路已经完成；第二阶段 Agent Trace 持久化、可恢复 SSE、stdio MCP Bridge 与隔离 Plugin Host 已落地，后端当前回归基线为 87 项测试通过。
+> 更新日期：2026-09-01。第一阶段 AI Core、Agent Core、Extension Core 和 Model Core 主链路已经完成；第二阶段 Agent Trace 持久化、可恢复 SSE、stdio MCP Bridge 与隔离 Plugin Host 已落地，后端当前回归基线为 91 项测试通过。
 
 ## 当前实现
 

docs/development/Knowledge与Retrieval-Core开发说明.md

@@ -3,7 +3,7 @@
 > 本文档用于团队开发和模块联调，记录 Knowledge Core / Retrieval Core 已经落地的
 > 模块边界、数据模型、接口与使用方式，对应分工表中的杨星萱。
 
-> 更新日期：2026-09-01。第一阶段 Knowledge/Retrieval 主链路已经完成，并已接入 Agent Tool Registry；完整后端回归基线为 87 项测试通过。
+> 更新日期：2026-09-01。第一阶段 Knowledge/Retrieval 主链路已经完成，并已接入 Agent Tool Registry；完整后端回归基线为 91 项测试通过。
 
 ## 当前实现
 

docs/development/MCP-Bridge与Plugin-Host开发说明.md

@@ -146,6 +146,7 @@ MCP Tool：
 
 - 远端名称必须能转换为合法且稳定的项目 Tool ID；
 - `inputSchema` 必须是有效的 object JSON Schema；
+- `additionalProperties`、`patternProperties` 等动态字段先由完整 JSON Schema 校验，Pydantic 参数载体不会再次误拒绝合法字段；
 - `_meta.notesagent/permission` 必须属于项目已知权限；
 - Tool 权限必须同时出现在 Plugin Manifest 中；
 - Agent 仍通过 Tool Registry 执行参数校验、Permission、超时和 Trace；
@@ -165,9 +166,10 @@ MCP Tool：
 - 不把 Provider API Key、`APP_DB_PATH`、Vault 路径和其他宿主环境变量传入子进程；
 - stderr 与 JSON-RPC stdout 分离，stderr 不进入 API 和 Agent Trace；
 - stdout 只能发送合法 MCP JSON-RPC；
-- 单条协议消息上限 2 MiB；
+- stdout 在读取完整行前即应用有界读取，单条协议消息上限 2 MiB；stderr 也按固定大小分块读取；
 - 单次 Tool Result 上限 256 KiB；
 - MCP Tool 不绕过 Permission Manager 和 Agent Tool Timeout。
+- 调用被 Agent 取消时，同时通知 Server 并唤醒本地 pending Queue，阻塞线程不会继续占用线程池直至远端超时。
 
 当前尚未提供容器、受限系统账户、seccomp、Windows AppContainer 或 macOS Sandbox，因此 Plugin 进程仍具有当前操作系统用户授予的一般文件访问能力。正式社区插件分发前必须继续增加包签名、来源验证和平台级沙箱；不得把当前进程隔离描述为完全安全执行任意不可信代码。
 
@@ -201,7 +203,7 @@ unhealthy
 error
 ```
 
-Restart 返回 `202 OperationResponse`。接口返回前已完成本地 Host 重启和 Tool 重新发现；`message` 中给出最终 Host 状态。
+Restart 返回 `202 OperationResponse`。接口返回前已完成本地 Host 重启和 Tool 重新发现；`message` 中给出最终 Host 状态。Restart 只用于运行中或异常 Host；用户主动停用、尚未启用或等待授权的 Plugin 返回 `409 PLUGIN_HOST_UNAVAILABLE`，必须通过 Enable 明确启动。
 
 ## 8. 离线 Fixture
 
@@ -220,7 +222,7 @@ backend/extensions/fixtures/mcp-echo
 - `mcp-fixture.environment`：验证宿主 Secret/路径没有进入子进程；
 - `mcp-fixture.exit`：验证异常退出、Tool 注销和 Restart。
 
-Fixture 的 `tools/list` 使用两页响应，用于覆盖分页发现。测试还会启动缺少 tools capability 和返回无效 Schema 的变体。
+Fixture 的 `tools/list` 使用两页响应，用于覆盖分页发现。测试还会启动缺少 tools capability、返回无效 Schema/initialize result，以及输出超长无换行 stdout 的变体。
 
 ## 9. 验证
 
@@ -241,10 +243,13 @@ pnpm build
 - 分页 `tools/list` 与命名空间映射；
 - Permission、JSON Schema 与 Contribution 集合；
 - Tool 成功、业务错误、结果过大和超时；
+- Agent 取消后 pending 等待线程及时释放；
+- `additionalProperties` 动态参数保持 JSON Schema 语义；
 - Agent Runtime 调用 MCP Tool 并写入正式 Trace；
 - Secret/Vault 环境隔离；
 - Server 异常退出、Tool 注销和 Host Restart；
-- 缺少 capability 与无效 MCP Schema；
+- 缺少 capability、无效 initialize result、无效 MCP Schema 和超长无换行 stdout；
+- disabled Plugin 不会被 Host Restart 隐式重新启用；
 - OpenAPI 发布 Host 状态和重启路径。
 
 ## 10. 当前边界与后续阶段

docs/development/前端壳子与接口层开发说明.md

@@ -187,12 +187,12 @@ pnpm build
 ```text
 pnpm build       passed
 pnpm test        27 passed
-uv run pytest    87 passed
+uv run pytest    91 passed
 preview smoke    HTTP 200
 git diff --check passed
 ```
 
-当前前端使用 Vitest 执行 Store、Workspace API Adapter、SSE 恢复游标、文件树、编辑器组件、智能体标签、轻量动效约束、Markdown 对比度 Token、scoped CSS 选择器约束和 Shiki GitHub 双主题测试；`pnpm build` 同时执行 `vue-tsc -b` 与 Vite 生产构建。后端测试出现过 `.pytest_cache` 无法写入的 Windows 权限警告，不影响 87 项测试结果，也不涉及产品代码。
+当前前端使用 Vitest 执行 Store、Workspace API Adapter、SSE 恢复游标、文件树、编辑器组件、智能体标签、轻量动效约束、Markdown 对比度 Token、scoped CSS 选择器约束和 Shiki GitHub 双主题测试；`pnpm build` 同时执行 `vue-tsc -b` 与 Vite 生产构建。后端测试出现过 `.pytest_cache` 无法写入的 Windows 权限警告，不影响 91 项测试结果，也不涉及产品代码。
 
 Vite 当前会提示 Chat 与 Workspace 的部分异步 Chunk 超过 500 kB，这是 Milkdown、CodeMirror、KaTeX 和 Shiki 等编辑/渲染依赖带来的性能优化项，不影响构建成功或功能正确性；进入桌面打包前应通过手动分包或更细粒度动态加载继续优化。
 

docs/development/模型提供商与模型发现开发说明.md

@@ -104,4 +104,4 @@ pnpm build
 
 自动化验证覆盖 Provider 预设、OpenAI-Compatible `/models` 请求与鉴权头、模型映射、前端自动刷新、排序去重及按 Provider 隔离错误。生产构建同时执行 Vue 和 TypeScript 类型检查。
 
-当前完整回归基线：后端 87 项测试、前端 27 项测试通过，前端类型检查和生产构建通过。Provider 配置目前仍保存在内存 Registry，AI Core 重启后需要重新创建；凭据密文会保留。OpenAI Responses 与 Anthropic Messages Adapter 尚未实现，设置页正式预设不会使用这两种协议。
+当前完整回归基线：后端 91 项测试、前端 27 项测试通过，前端类型检查和生产构建通过。Provider 配置目前仍保存在内存 Registry，AI Core 重启后需要重新创建；凭据密文会保留。OpenAI Responses 与 Anthropic Messages Adapter 尚未实现，设置页正式预设不会使用这两种协议。

docs/retrospectives/后端全面审阅问题与修复复盘.md

@@ -4,7 +4,7 @@
 > 审阅范围：FastAPI、Knowledge / Retrieval Core、Agent Core、Extension Core、Provider Adapter、公共接口和后端开发文档。
 > 文档用途：记录问题形成原因、实际影响、修复判断和落地方案，供后续开发文档、比赛材料与技术博客使用。
 
-> 2026-09-01 状态补充：本文记录的缺陷均保持修复。此后又加入 Provider 预设、模型发现、DeepSeek/OpenAI 凭据解析、Fernet 加密存储、Agent Trace 持久化和 stdio MCP Plugin Host，当前完整后端回归基线为 87 项测试通过。
+> 2026-09-01 状态补充：本文记录的缺陷均保持修复。此后又加入 Provider 预设、模型发现、DeepSeek/OpenAI 凭据解析、Fernet 加密存储、Agent Trace 持久化和 stdio MCP Plugin Host，当前完整后端回归基线为 91 项测试通过。
 
 ## 1. 审阅结论