docs(extension): 补充阶段C MCP开发说明

README.md

@@ -118,7 +118,7 @@ cd frontend
 pnpm test
 ```
 
-当前回归基线为后端 81 项测试、前端 27 项测试，且生产构建通过。测试数量会随功能增长，以本地实际输出和 CI 为准。
+当前回归基线为后端 87 项测试、前端 27 项测试，且生产构建通过。测试数量会随功能增长，以本地实际输出和 CI 为准。
 
 构建产物位于 `frontend/dist`，该目录不提交到 Git。
 
@@ -132,6 +132,7 @@ pnpm test
 | [后端接口契约](docs/contracts/后端接口契约-开发版.md) | HTTP/SSE 接口、错误和当前实现状态 |
 | [第二阶段接口契约](docs/contracts/第二阶段接口契约-开发版.md) | 第二阶段公共 DTO、计划接口、SSE、错误码与联调顺序 |
 | [AI Core 与 Agent Core](docs/development/AI-Core与Agent-Core开发说明.md) | Provider、Agent、Tool、Permission 与 Extension Core |
+| [MCP Bridge 与 Plugin Host](docs/development/MCP-Bridge与Plugin-Host开发说明.md) | stdio MCP、隔离进程、Tool 映射、状态与错误边界 |
 | [Git 使用细则](docs/guides/Git使用细则-团队开发版.md) | 分支、提交、PR、Review 与合并流程 |
 | [CI/CD 细则](docs/guides/CI-CD细则-团队开发版.md) | Gitea 流水线、质量门禁、产物、发布与回滚规则 |
 | [Agent Trace 复盘](docs/retrospectives/Agent-Core第二阶段问题与修复复盘.md) | Agent 持久化、SSE 恢复、事件契约与脱敏问题复盘 |

backend/README.md

@@ -23,7 +23,7 @@ uv run uvicorn app.main:app --reload --host 127.0.0.1 --port 8000
 uv run pytest
 ```
 
-当前基线为 81 项测试通过。Provider API Key 可通过前端设置页写入，也可用 `OPENAI_API_KEY`、`DEEPSEEK_API_KEY` 或 `AINOTE_CREDENTIAL_<ID>` 注入；不要把真实密钥写入仓库。
+当前基线为 87 项测试通过。Provider API Key 可通过前端设置页写入，也可用 `OPENAI_API_KEY`、`DEEPSEEK_API_KEY` 或 `AINOTE_CREDENTIAL_<ID>` 注入；不要把真实密钥写入仓库。
 
 团队接口清单见 `../docs/contracts/后端接口契约-开发版.md`，机器可读契约以运行时的 `/openapi.json` 为准。
 

docs/README.md

@@ -31,6 +31,7 @@
 - [AI Core 与 Agent Core 开发说明](development/AI-Core与Agent-Core开发说明.md)
 - [Knowledge 与 Retrieval Core 开发说明](development/Knowledge与Retrieval-Core开发说明.md)
 - [模型提供商与模型发现开发说明](development/模型提供商与模型发现开发说明.md)
+- [MCP Bridge 与 Plugin Host 开发说明](development/MCP-Bridge与Plugin-Host开发说明.md)
 - [前端壳子与接口层开发说明](development/前端壳子与接口层开发说明.md)
 - [前端写作体验优化开发说明](development/前端写作体验优化开发说明.md)
 - [前端视觉与轻量动效优化开发说明](development/前端视觉与轻量动效优化开发说明.md)

docs/architecture/AI笔记软件技术栈说明-团队版-v2.3.md

@@ -5,7 +5,7 @@
 > 适用范围：桌面客户端、本地知识库、RAG、Agent、Skill、多模型接入、多模态处理与可选云同步  
 > 目标读者：前端、Rust 桌面端、Python AI Core、算法、测试与后续接手项目的开发成员
 
-> 实施状态更新：2026-09-01。本文同时包含目标架构、当前实现和第二阶段接口基线。第一阶段已完成 Vue Web 联调前端、FastAPI、Knowledge/Retrieval、Agent/Tool/Permission、Skill/Plugin 声明式运行时、Mock/OpenAI-Compatible/Ollama Provider、DeepSeek/OpenAI 预设、模型发现及开发阶段 Fernet 凭据存储。Web Workspace 已通过 FastAPI 接入后端配置的真实单 Vault，第二阶段 Agent Trace 持久化、分页快照和可恢复 SSE 已完成。后续继续接入真实音频处理、MCP、Plugin Command/Settings、Provider 协议增强、Benchmark、文档导出、主题包、Trace 可视化、Mermaid 和函数图像。Tauri/Rust Host、Stronghold、原生多 Vault 文件系统和 Sync Server 仍未实现。
+> 实施状态更新：2026-09-01。本文同时包含目标架构、当前实现和第二阶段接口基线。第一阶段已完成 Vue Web 联调前端、FastAPI、Knowledge/Retrieval、Agent/Tool/Permission、Skill/Plugin 声明式运行时、Mock/OpenAI-Compatible/Ollama Provider、DeepSeek/OpenAI 预设、模型发现及开发阶段 Fernet 凭据存储。Web Workspace 已通过 FastAPI 接入后端配置的真实单 Vault；第二阶段 Agent Trace 持久化、分页快照、可恢复 SSE、stdio MCP Bridge 与隔离 Plugin Host 已完成。后续继续接入真实音频处理、Plugin Command/Settings、Provider 协议增强、Benchmark、文档导出、主题包、Trace 可视化、Mermaid 和函数图像。Tauri/Rust Host、Stronghold、原生多 Vault 文件系统和 Sync Server 仍未实现。
 
 ---
 
@@ -1044,6 +1044,8 @@ Plugin Host 负责：
 
 MCP Bridge 用于接入具有 MCP Server 接口的插件或外部工具服务。
 
+当前已实现本地 stdio 首版：Plugin Runtime 在授权后的启用阶段启动独立 Server 进程，完成 `initialize`、capability negotiation、分页 `tools/list`、`tools/call`、取消、超时、异常退出和 Host Restart。实现接受 `2025-11-25`、`2025-06-18`、`2025-03-26` 与 `2024-11-05` 协议版本；Streamable HTTP、Resource、Prompt、Sampling 与操作系统级沙箱仍属于后续范围。
+
 MCP Tool 进入系统后的调用路径为：
 
 ```text
@@ -1062,7 +1064,7 @@ Tool Registry 仍使用项目自己的 `ToolDefinition` 和 `ToolResult`。MCP B
 
 MCP 能力首先用于 Tool 和 Resource 类扩展。需要复杂 UI 的插件通过 Frontend Extension Slot 单独处理。
 
-第二阶段 MCP Bridge 至少覆盖以下协议边界：
+当前 stdio MCP Bridge 已覆盖以下协议边界：
 
 ```text
 Server Process / Connection Lifecycle
@@ -1074,7 +1076,7 @@ tools/call 与 ToolResult 映射
 健康检查与 Tool 注销
 ```
 
-首个宿主实现优先支持本地 `stdio` 传输；其他传输在兼容性测试后增加。外部 Server 的 Tool 名称进入项目注册表前添加 Plugin 命名空间，并校验 JSON Schema、权限和重复 ID。MCP 内容不得绕过项目自己的 Permission、超时、日志净化和结果大小限制。
+首个宿主实现支持本地 `stdio` 传输；其他传输在兼容性测试后增加。外部 Server 的 Tool 名称进入项目注册表前添加 Plugin 命名空间，并校验 JSON Schema、权限、重复 ID 及其与 Manifest Contribution 的一致性。MCP 调用复用项目自己的 Permission、超时、Agent Trace、日志净化和结果大小限制；子进程环境按白名单裁剪，不传入 Provider Key、Vault 或数据库路径。
 
 ### 12.6 Frontend Extension Slot
 
@@ -2321,7 +2323,7 @@ Markdown Workspace
 
 第一阶段 Plugin Runtime 已完成安装、启用、停用、权限和声明式 Tool 注册，建立 Skill 调用 Plugin Tool 的基础链路。Command、Settings 和 MCP 执行不计入第一阶段完成项。
 
-截至 2026-09-01，上述第一阶段后端链路和 Web 联调前端均已完成，第二阶段前置的 Workspace 去 Mock 联调及 Agent Trace 持久化/恢复接口也已完成。当前验证基线为后端 81 项测试、前端 27 项测试及生产构建通过。向量链路当前使用 `HashEmbeddingProvider` 验证工程正确性，真实 Embedding 召回质量不属于该测试结论。
+截至 2026-09-01，上述第一阶段后端链路和 Web 联调前端均已完成；第二阶段前置的 Workspace 去 Mock 联调、Agent Trace 持久化/恢复接口以及 stdio MCP Bridge / Plugin Host 也已完成。当前验证基线为后端 87 项测试、前端 27 项测试及生产构建通过。向量链路当前使用 `HashEmbeddingProvider` 验证工程正确性，真实 Embedding 召回质量不属于该测试结论。
 
 第二阶段在既有 Contract 上接入：
 
@@ -2331,7 +2333,7 @@ Multimodal
 └── pyannote.audio
 
 Extension / Model
-├── MCP Bridge
+├── MCP Bridge（stdio 首版已实现）
 ├── Plugin Command Contribution
 ├── Plugin Settings Contribution
 └── Provider Streaming / Tool Calling / Error Mapping 增强
@@ -2353,7 +2355,7 @@ Frontend Extension
 └── Plugin Settings UI
 ```
 
-上述列表描述第二阶段技术范围，不表示能力已经实现。每项功能必须继续经过现有 Service、Contract、Permission 和 Adapter 边界，不因 Demo 需要在 Vue 组件、Router 或 Agent Runtime 中直接绑定第三方协议。
+上述列表描述第二阶段技术范围，其中 stdio MCP Bridge 已实现，其余能力以各自开发说明的状态为准。每项功能必须继续经过现有 Service、Contract、Permission 和 Adapter 边界，不因 Demo 需要在 Vue 组件、Router 或 Agent Runtime 中直接绑定第三方协议。
 
 第三阶段处理：
 
@@ -2409,7 +2411,7 @@ Sync Server 按独立服务开发和部署，不进入桌面客户端核心启
 
 Python AI Core 未来作为 Tauri Sidecar 运行，当前由开发命令独立启动，FastAPI 提供本地接口。Knowledge Core 管理笔记结构；Retrieval Core 当前通过 FTS5、`HashEmbeddingProvider`、sqlite-vec、RRF 和轻量 Reranker 跑通混合检索，真实 Embedding 与正式 Benchmark 在第二阶段接入；Agent Runtime 使用 Tool Registry 操作知识库和任务，并将扩展 Agent Trace Contract 供可视化和 Benchmark 共用；Skill Runtime 将提示词、工具、权限和检索参数组装为可复用 Agent 配置。
 
-当前 Plugin Runtime 支持 Manifest、生命周期和声明式白名单 Tool Contribution；第二阶段通过 MCP Bridge 接入隔离 Tool，并增加 Command 与 Settings Contribution。Provider Adapter 当前实现 Mock、OpenAI Chat/OpenAI-Compatible 与 Ollama，第二阶段按统一行为测试完善 OpenAI Responses、Anthropic Messages 等协议。多模态目标方案使用 faster-whisper、pyannote.audio 和可选 emotion2vec；当前只读取 Host 预生成 transcript。
+当前 Plugin Runtime 支持 Manifest、生命周期和声明式白名单 Tool Contribution，并已通过 stdio MCP Bridge 接入独立进程 Tool、Host 状态与重启接口；Command 与 Settings Contribution 尚待后续阶段实现。Provider Adapter 当前实现 Mock、OpenAI Chat/OpenAI-Compatible 与 Ollama，第二阶段按统一行为测试完善 OpenAI Responses、Anthropic Messages 等协议。多模态目标方案使用 faster-whisper、pyannote.audio 和可选 emotion2vec；当前只读取 Host 预生成 transcript。
 
 第二阶段内容输出以 Document AST、Exporter Adapter、Mermaid Renderer 和 Function Plot Renderer 为共同边界，支持 HTML、PDF、DOCX 与静态图导出。Theme Package 使用 Manifest、Design Token 和受限 CSS 实现本地导入；联网主题市场不属于本阶段核心依赖。API Key 在 Web 联调期由 Fernet 开发存储加密保存，桌面版迁移到 Tauri Stronghold。多设备同步的目标方案为独立、可自托管的 Sync Server，目前尚未实现；本地核心功能不依赖 Sync Server。
 

docs/architecture/第二阶段团队分工表.md

@@ -746,8 +746,8 @@ Markdown
 - [ ] faster-whisper 能完成真实音频转写；
 - [ ] pyannote.audio 能生成说话人分段；
 - [ ] 两者能组合生成带时间戳和 Speaker 的 Transcript；
-- [ ] MCP Server 能通过 MCP Bridge 注册 Tool；
+- [x] MCP Server 能通过 MCP Bridge 注册 Tool；
-- [ ] Agent 能调用 MCP Tool；
+- [x] Agent 能调用 MCP Tool；
 - [ ] Plugin Command Contribution 后端可注册；
 - [ ] Plugin Settings Contribution 后端可解析；
 - [ ] Provider Adapter 的 Streaming / Tool Calling / Error Mapping 稳定；

docs/contracts/后端接口契约-开发版.md

@@ -1,6 +1,6 @@
 # 后端接口契约（开发版）
 
-> 更新日期：2026-08-31。本文档记录当前前后端联调使用的已实现接口；机器可读字段、校验规则和响应模型以 FastAPI 运行时生成的 OpenAPI 为准。第二阶段尚未实现的规划接口见 `第二阶段接口契约-开发版.md`，不要将规划路径视为当前服务能力。
+> 更新日期：2026-09-01。本文档记录当前前后端联调使用的已实现接口；机器可读字段、校验规则和响应模型以 FastAPI 运行时生成的 OpenAPI 为准。第二阶段尚未实现的规划接口见 `第二阶段接口契约-开发版.md`，不要将规划路径视为当前服务能力。
 
 ## 契约入口
 
@@ -76,6 +76,8 @@ Web 联调阶段只暴露后端通过 `APP_VAULT_PATH` 配置的单一 Vault，
 | POST | `/api/plugins/{plugin_id}/enable` | 启用 Plugin |
 | POST | `/api/plugins/{plugin_id}/disable` | 停用 Plugin |
 | PUT | `/api/plugins/{plugin_id}/permissions` | 设置 Plugin 已授权权限 |
+| GET | `/api/plugins/{plugin_id}/host` | 获取隔离 MCP Host 状态、工具数和协商信息 |
+| POST | `/api/plugins/{plugin_id}/host/restart` | 重启 MCP Host 并重新发现、校验和注册 Tool |
 | DELETE | `/api/plugins/{plugin_id}` | 卸载 Plugin |
 
 ### Provider
@@ -174,7 +176,7 @@ RunCancelled
 
 ## 当前实现状态
 
-更新至 2026-09-01：后端 81 项回归测试通过。
+更新至 2026-09-01：后端 87 项回归测试通过。
 
 - Chat、Agent Run、Agent Events、Tool 列表、Provider 配置生命周期、模型列表和连接测试已经接入 AI Core。
 - Agent Run/Event 已持久化到 SQLite；SSE 帧携带 sequence `id`，断线后可以回放缺失事件。Trace API 与 Benchmark 共用同一事件事实，并在入库前执行 Secret 脱敏和结果限长。
@@ -183,6 +185,7 @@ RunCancelled
 - Workspace 已接入后端配置的真实 Vault；文件树、笔记读写、文件/目录新建、重命名和删除不再使用前端 Mock Fallback。
 - Note Move 保留 `note_id`；Citation 的字符偏移统一使用 UTF-16 code unit，供浏览器编辑器直接定位。
 - Plugin 启用前必须通过权限接口记录授权，未知权限默认拒绝。
+- 本地 stdio MCP Server 已通过独立子进程接入 Plugin Runtime；Agent 只消费内部 Tool Contract。Host 支持 initialize、分页发现、调用、超时取消、状态查询、重启和异常退出后的 Tool 注销。
 - Attachment Tool 读取 Host 管理的 `attachments` 目录；音频接口读取 Host 生成的转写文本，真实本地语音模型在第二阶段接入。
 - 接入业务模块时保持当前路径和 Contract，不在 Router 中直接实现数据库、Provider 或 Agent 逻辑。
 

docs/contracts/第二阶段接口契约-开发版.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 > 文档状态：接口冻结草案
 >
-> 更新日期：2026-08-31
+> 更新日期：2026-09-01
 >
 > 依据：`../architecture/第二阶段团队分工表.md`、`../architecture/AI笔记软件技术栈说明-团队版-v2.3.md`、`后端接口契约-开发版.md`
 
@@ -45,8 +45,8 @@
 | Transcription | POST | `/api/media/transcriptions/{job_id}/notes` | 计划新增 | 将 Transcript 写入 Knowledge Core |
 | Agent Trace | GET | `/api/agent/runs/{run_id}/events` | 已实现 | 支持游标恢复并增加模型与权限事件 |
 | Agent Trace | GET | `/api/agent/runs/{run_id}/trace` | 已实现 | 分页读取可回放 Trace 快照 |
-| Plugin Host | GET | `/api/plugins/{plugin_id}/host` | 计划新增 | 获取 MCP Host 健康状态 |
+| Plugin Host | GET | `/api/plugins/{plugin_id}/host` | 已实现 | 获取 MCP Host 健康状态 |
-| Plugin Host | POST | `/api/plugins/{plugin_id}/host/restart` | 计划新增 | 重启异常 Host 并重新发现 Tool |
+| Plugin Host | POST | `/api/plugins/{plugin_id}/host/restart` | 已实现 | 重启异常 Host 并重新发现 Tool |
 | Plugin Command | GET | `/api/plugin-contributions/commands` | 计划新增 | 获取前端可展示的 Command |
 | Plugin Command | POST | `/api/plugin-contributions/commands/{command_id}/execute` | 计划新增 | 受控执行 Command |
 | Plugin Settings | GET | `/api/plugins/{plugin_id}/settings` | 计划新增 | 获取 Schema 与非敏感配置 |
@@ -427,7 +427,29 @@ class McpBridge(Protocol):
     async def stop(self, plugin_id: str) -> None: ...
 ```
 
-首个实现支持本地 `stdio`。Host 负责 initialize、capability negotiation、进程生命周期、超时、取消、stderr 隔离和异常退出后的 Tool 注销。
+首个实现已支持本地 `stdio`，按 MCP `2025-11-25` 发起 initialize，并兼容 `2025-06-18`、`2025-03-26` 和 `2024-11-05` 协商结果。Host 负责 capability negotiation、分页 `tools/list`、进程生命周期、超时取消、stderr 隔离和异常退出后的 Tool 注销。stdio 消息使用 UTF-8 单行 JSON-RPC；当前不实现 Streamable HTTP。
+
+MCP Plugin 的 `backend` 增加：
+
+```yaml
+backend:
+  type: mcp
+  transport: stdio
+  command: python
+  args: [server.py]
+  startup_timeout_seconds: 5
+  tool_timeout_seconds: 30
+```
+
+命令通过参数数组直接启动，不经过 Shell。带路径的 executable 必须位于 Plugin 包内；PATH 中的命令可以按名称引用。子进程只继承运行所需的系统环境变量，不继承 `OPENAI_API_KEY`、`APP_DB_PATH`、Vault 路径等宿主状态。Secret 注入留给阶段 D 的专用引用接口。
+
+远端 Tool 的可选项目权限放在 MCP `_meta`：
+
+```json
+{ "_meta": { "notesagent/permission": "notes.read" } }
+```
+
+该权限必须属于项目已知权限并同时出现在 Plugin Manifest 中。发现结果必须与 `contributes.tools` 的命名空间 ID 完全一致；校验全部成功后才一次性发布到 Tool Registry。
 
 当前 Web 开发接口 `POST /api/plugins/install` 使用 `package_path`。桌面 Host 接入后，`ExtensionInstallRequest` 增加 `package_id`，由文件选择器产生临时包句柄；`package_path` 只在明确的 development 环境保留并标记 deprecated，生产构建拒绝任意前端路径。
 
@@ -460,6 +482,8 @@ error
 
 `POST /api/plugins/{plugin_id}/host/restart` 返回 `202 OperationResponse`。重启期间先注销旧 Tool，发现和校验全部成功后再一次性发布新 Tool 集合，避免半注册状态。
 
+当前实现还返回协商后的 `protocol_version`、`server_name` 和 `server_version`。单条协议消息上限为 2 MiB，单次 Tool Result 上限为 256 KiB；超限分别按 Host/Result 错误处理。Server 异常退出或发送无效 stdout 消息时，Host 进入 `unhealthy`，Plugin 进入 `error`，相关 Tool 立即注销。
+
 ### 7.3 Command Contribution 列表
 
 `GET /api/plugin-contributions/commands?location=command_palette`

docs/development/AI-Core与Agent-Core开发说明.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 > 本文档用于团队开发和模块联调，记录当前已经落地的核心边界与使用方式。
 
-> 更新日期：2026-09-01。第一阶段 AI Core、Agent Core、Extension Core 和 Model Core 主链路已经完成；第二阶段 Agent Trace 持久化和可恢复 SSE 已落地，后端当前回归基线为 81 项测试通过。
+> 更新日期：2026-09-01。第一阶段 AI Core、Agent Core、Extension Core 和 Model Core 主链路已经完成；第二阶段 Agent Trace 持久化、可恢复 SSE、stdio MCP Bridge 与隔离 Plugin Host 已落地，后端当前回归基线为 87 项测试通过。
 
 ## 当前实现
 
@@ -33,12 +33,14 @@ backend/app/
 │   ├── permissions.py   权限策略、确认请求和会话授权
 │   └── builtin_tools.py 无副作用的内置开发 Tool
 ├── extensions/
-│   └── runtime.py       Skill/Plugin Manifest、生命周期、依赖与 Tool Contribution
+│   ├── runtime.py       Skill/Plugin Manifest、生命周期、依赖与 Tool Contribution
+│   └── mcp.py           stdio JSON-RPC、MCP 生命周期、发现、调用与 Host 隔离
 └── container.py         AI Core 依赖组装
 
 backend/extensions/
 ├── skills/knowledge-assistant/   内置知识库 Skill
-└── plugins/text-tools/           内置示例 Plugin
+├── plugins/text-tools/           内置声明式 Plugin
+└── fixtures/mcp-echo/            离线 MCP Server 联调 Fixture
 ```
 
 Router 只负责 HTTP/SSE 与错误转换，不实现 Agent、Tool 或 Provider 业务逻辑。
@@ -57,6 +59,7 @@ Router 只负责 HTTP/SSE 与错误转换，不实现 Agent、Tool 或 Provider
 - SQLite Trace、分页快照与可恢复 SSE；
 - Skill Manifest、Prompt、Tool/Permission/模型能力解析；
 - Plugin Manifest、生命周期和 Tool Contribution；
+- stdio MCP Bridge、隔离进程生命周期、Tool 映射与 Host 健康状态；
 - Skill 调用内置 Tool 与 Plugin Tool；
 - 公共 Contract 和 API 接入。
 
@@ -65,7 +68,7 @@ Router 只负责 HTTP/SSE 与错误转换，不实现 Agent、Tool 或 Provider
 - Note、NoteBlock、Markdown Parser：由 Knowledge Core 提供；
 - FTS5、Vector、RRF、Reranker、Citation：由 Retrieval Core 提供；
 - 文件系统和 API Key 明文读取：由 Rust Host 提供；
-- MCP Plugin Host、Frontend Extension Slot：按技术基线放在第二阶段实现。
+- Frontend Extension Slot 与 Plugin Command/Settings：按第二阶段后续阶段实现。
 
 ## Provider
 
@@ -302,7 +305,7 @@ DELETE /api/skills/{skill_id}
 
 ### Plugin Runtime
 
-第一阶段 Plugin Runtime 完成 Manifest 校验、安装、启用、停用、卸载和 Tool Contribution。第三方代码不会直接 import 到 AI Core；当前 Declarative Plugin Host 只执行宿主实现的白名单 handler，MCP Host 留到第二阶段。
+第一阶段 Plugin Runtime 完成 Manifest 校验、安装、启用、停用、卸载和声明式 Tool Contribution。阶段 C 增加 stdio MCP Bridge：第三方代码不会直接 import 到 AI Core，而由独立子进程运行，通过换行分隔 JSON-RPC 完成 initialize、Tool 发现和调用。
 
 启用 Plugin 时将 Tool 注册到统一 Tool Registry，并标记 `source=plugin`；停用或异常时注销 Tool。启用中的 Skill 依赖某 Plugin Tool 时，Plugin 不能直接卸载。
 
@@ -315,11 +318,15 @@ GET    /api/plugins/{plugin_id}
 POST   /api/plugins/{plugin_id}/enable
 POST   /api/plugins/{plugin_id}/disable
 PUT    /api/plugins/{plugin_id}/permissions
+GET   /api/plugins/{plugin_id}/host
+POST  /api/plugins/{plugin_id}/host/restart
 DELETE /api/plugins/{plugin_id}
 ```
 
 Plugin Manifest 中的权限只是声明，不代表已经授权。带权限的 Plugin 安装后进入 `permission_required`，Host 必须通过权限接口记录用户授权，之后才能启用。JSON Schema 在安装阶段校验，Tool 调用时再次校验实际参数。
 
+MCP Tool 进入 Registry 前统一增加 `<plugin_id>.<remote_name>` 命名空间。Server 声明的 `notesagent/permission` 必须属于已知权限并出现在 Plugin Manifest；发现集合还必须与 Manifest Contribution 完全一致。启用失败会回滚全部 Tool 并关闭子进程，异常退出会把 Plugin 标记为 `error` 并立即注销对应 Tool。详细实现和 Fixture 操作见 [MCP Bridge 与 Plugin Host 开发说明](MCP-Bridge与Plugin-Host开发说明.md)。
+
 内置示例 `text-tools` 注册 `text.uppercase`。内置 `knowledge-assistant` Skill 同时声明 `notes.search` 和 `text.uppercase`，用于验证完整链路：
 
 ```text
@@ -342,4 +349,4 @@ Skill Manifest
 - Task 已持久化到 SQLite；Attachment Tool 读取 Host 管理目录中的 UTF-8 文件。
 - `audio.transcribe` 当前消费 Host 预生成的 transcript；faster-whisper 与说话人分离仍按技术基线在第二阶段接入。
 - Extension 安装记录暂存内存；后续接入持久化 Registry 与版本升级流程。
-- 当前 Plugin Host 只支持内置声明式白名单 handler；MCP Bridge、独立进程健康检查与 UI Contribution 在第二阶段实现。
+- 当前 Plugin Host 支持内置声明式 handler 和本地 stdio MCP Server；Streamable HTTP、OS 级沙箱、Plugin Command/Settings 与 UI Contribution 留在后续阶段。

docs/development/Knowledge与Retrieval-Core开发说明.md

@@ -3,7 +3,7 @@
 > 本文档用于团队开发和模块联调，记录 Knowledge Core / Retrieval Core 已经落地的
 > 模块边界、数据模型、接口与使用方式，对应分工表中的杨星萱。
 
-> 更新日期：2026-09-01。第一阶段 Knowledge/Retrieval 主链路已经完成，并已接入 Agent Tool Registry；完整后端回归基线为 81 项测试通过。
+> 更新日期：2026-09-01。第一阶段 Knowledge/Retrieval 主链路已经完成，并已接入 Agent Tool Registry；完整后端回归基线为 87 项测试通过。
 
 ## 当前实现
 

docs/development/MCP-Bridge与Plugin-Host开发说明.md

@@ -0,0 +1,262 @@
+# MCP Bridge 与 Plugin Host 开发说明
+
+> 更新日期：2026-09-01。本文记录第二阶段阶段 C 已实现的本地 stdio MCP Bridge、隔离 Plugin Host、Tool Contract 转换和离线测试方式。Plugin Command 与 Settings 属于阶段 D，不在本文实现范围内。
+
+## 1. 目标与实现状态
+
+阶段 C 的目标是让外部 MCP Server 进入既有 Plugin、Tool、Permission、Agent 和 Trace 链路，同时避免 Agent Runtime、前端或 Benchmark 直接依赖 MCP 原始消息。
+
+当前链路：
+
+```text
+Plugin Manifest
+→ Plugin Runtime
+→ 独立 stdio MCP Server 进程
+→ initialize / capability negotiation
+→ tools/list 分页发现与校验
+→ NotesAgent ToolDefinition
+→ Tool Registry / Permission Manager
+→ Agent Runtime / Agent Trace
+```
+
+已经实现：
+
+- 本地 stdio 子进程启动、关闭和异常退出检测；
+- UTF-8、换行分隔的 JSON-RPC 2.0 消息；
+- initialize、协议版本与 tools capability 协商；
+- `notifications/initialized`；
+- 分页 `tools/list`；
+- `tools/call`、业务错误与 JSON-RPC 错误转换；
+- 超时和 `notifications/cancelled`；
+- Tool 命名空间、JSON Schema、权限和 Manifest 集合校验；
+- Host 状态查询、重启和异常后的 Tool 自动注销；
+- stderr 隔离、环境变量裁剪、消息及结果大小限制；
+- 无网络、无密钥的确定性 MCP Fixture。
+
+实现依据为 MCP 官方 [Lifecycle 2025-11-25](https://modelcontextprotocol.io/specification/2025-11-25/basic/lifecycle)、[Transports 2025-11-25](https://modelcontextprotocol.io/specification/2025-11-25/basic/transports) 和 [Tools 2025-11-25](https://modelcontextprotocol.io/specification/2025-11-25/server/tools)。
+
+## 2. 代码位置
+
+```text
+backend/app/extensions/mcp.py
+    stdio 进程、JSON-RPC、MCP 生命周期、发现、调用和 Host 状态
+
+backend/app/extensions/runtime.py
+    Plugin Manifest、权限、MCP Tool 批量注册/回滚和生命周期集成
+
+backend/app/agent/tools.py
+    内部 Tool 参数校验、结构化执行错误和线程安全 Registry
+
+backend/extensions/fixtures/mcp-echo/
+    确定性 stdio MCP Server 与 Plugin Manifest
+```
+
+## 3. Plugin Manifest
+
+MCP Plugin 的后端配置示例：
+
+```yaml
+id: example-mcp
+name: Example MCP
+version: 1.0.0
+permissions:
+  - notes.read
+contributes:
+  tools:
+    - example-mcp.search
+backend:
+  type: mcp
+  transport: stdio
+  command: python
+  args: [server.py]
+  startup_timeout_seconds: 5
+  tool_timeout_seconds: 30
+```
+
+约束：
+
+- 阶段 C 只接受 `type: mcp` 与 `transport: stdio`；
+- 命令和参数通过数组直接传给 `subprocess.Popen`，不经过 Shell；
+- PATH 中的 executable 使用名称，例如 `python`、`node`；
+- manifest 中带目录的 executable 必须解析到 Plugin 包内部；
+- `contributes.tools` 使用 `<plugin_id>.<remote_name>`；
+- 安装阶段只读 Manifest，不启动第三方进程；
+- 完成用户授权后，`enable` 才启动 Host。
+
+## 4. 生命周期
+
+### 4.1 启动
+
+启用 MCP Plugin 时依次执行：
+
+1. 检查 Plugin 声明权限是否全部获得授权；
+2. 检查 Manifest 声明的 Tool ID 是否与现有 Registry 冲突；
+3. 启动独立 stdio Server；
+4. 发送 `initialize`；
+5. 校验协商版本和 `tools` capability；
+6. 发送 `notifications/initialized`；
+7. 分页读取 `tools/list`；
+8. 校验全部 Tool；
+9. 确认发现集合与 Manifest 完全一致；
+10. 将完整集合注册到 Tool Registry；
+11. Plugin 和 Host 进入 `ready`。
+
+任何步骤失败都会注销本轮已注册 Tool、关闭子进程并把 Plugin 标记为 `error`，不会留下半启用状态。
+
+### 4.2 停止与异常退出
+
+停用、卸载或应用关闭时，先注销 Tool，再关闭 stdin，等待 Server 正常退出。超时后依次 terminate 和 kill。
+
+Server 异常退出、stdout 出现非 JSON-RPC 内容或发送超大协议消息时：
+
+- 未完成请求返回 `PLUGIN_HOST_UNAVAILABLE`；
+- Host 进入 `unhealthy`；
+- Plugin 进入 `error`；
+- 对应 Tool 从 Registry 中立即注销；
+- 用户可以调用 Host Restart 接口重新协商和发现。
+
+Server 发送 `notifications/tools/list_changed` 时不会直接信任新集合。当前实现先把 Host 标记为不健康并注销旧 Tool，要求通过 Restart 重新执行完整发现与校验。
+
+## 5. Tool Contract 转换
+
+MCP Tool：
+
+```json
+{
+  "name": "search",
+  "description": "Search notes",
+  "inputSchema": { "type": "object", "properties": {} },
+  "_meta": { "notesagent/permission": "notes.read" }
+}
+```
+
+进入系统后转换为：
+
+```json
+{
+  "name": "example-mcp.search",
+  "description": "Search notes",
+  "parameters": { "type": "object", "properties": {} },
+  "permission": "notes.read",
+  "source": "plugin"
+}
+```
+
+转换规则：
+
+- 远端名称必须能转换为合法且稳定的项目 Tool ID；
+- `inputSchema` 必须是有效的 object JSON Schema；
+- `_meta.notesagent/permission` 必须属于项目已知权限；
+- Tool 权限必须同时出现在 Plugin Manifest 中；
+- Agent 仍通过 Tool Registry 执行参数校验、Permission、超时和 Trace；
+- MCP `structuredContent` 存在时映射为内部 output；否则保留为受控 `content` 数组；
+- MCP `isError: true` 映射为 `MCP_TOOL_CALL_FAILED`；
+- 结果超过 256 KiB 映射为 `MCP_TOOL_RESULT_TOO_LARGE`。
+
+## 6. 隔离与安全边界
+
+当前隔离是“独立进程 + 协议边界”，不是完整的操作系统沙箱。
+
+已经执行的保护：
+
+- 第三方模块不 import 到 AI Core；
+- 子进程 `cwd` 固定为 Plugin 包目录；
+- 不使用 Shell 拼接命令；
+- 不把 Provider API Key、`APP_DB_PATH`、Vault 路径和其他宿主环境变量传入子进程；
+- stderr 与 JSON-RPC stdout 分离，stderr 不进入 API 和 Agent Trace；
+- stdout 只能发送合法 MCP JSON-RPC；
+- 单条协议消息上限 2 MiB；
+- 单次 Tool Result 上限 256 KiB；
+- MCP Tool 不绕过 Permission Manager 和 Agent Tool Timeout。
+
+当前尚未提供容器、受限系统账户、seccomp、Windows AppContainer 或 macOS Sandbox，因此 Plugin 进程仍具有当前操作系统用户授予的一般文件访问能力。正式社区插件分发前必须继续增加包签名、来源验证和平台级沙箱；不得把当前进程隔离描述为完全安全执行任意不可信代码。
+
+## 7. Host API
+
+```http
+GET  /api/plugins/{plugin_id}/host
+POST /api/plugins/{plugin_id}/host/restart
+```
+
+状态响应包含：
+
+```text
+plugin_id
+backend_type / transport
+status
+tools_count
+started_at / last_seen_at
+protocol_version
+server_name / server_version
+error
+```
+
+状态值：
+
+```text
+stopped
+starting
+ready
+unhealthy
+error
+```
+
+Restart 返回 `202 OperationResponse`。接口返回前已完成本地 Host 重启和 Tool 重新发现；`message` 中给出最终 Host 状态。
+
+## 8. 离线 Fixture
+
+Fixture 位于：
+
+```text
+backend/extensions/fixtures/mcp-echo
+```
+
+它提供：
+
+- `mcp-fixture.echo`：返回 structuredContent；
+- `mcp-fixture.fail`：返回 `isError: true`；
+- `mcp-fixture.sleep`：验证超时和取消；
+- `mcp-fixture.large`：验证结果大小上限；
+- `mcp-fixture.environment`：验证宿主 Secret/路径没有进入子进程；
+- `mcp-fixture.exit`：验证异常退出、Tool 注销和 Restart。
+
+Fixture 的 `tools/list` 使用两页响应，用于覆盖分页发现。测试还会启动缺少 tools capability 和返回无效 Schema 的变体。
+
+## 9. 验证
+
+```powershell
+cd backend
+uv run python -m compileall -q app
+uv run pytest
+
+cd ../frontend
+pnpm test
+pnpm type-check
+pnpm build
+```
+
+阶段 C 新增测试覆盖：
+
+- initialize、版本和 capability negotiation；
+- 分页 `tools/list` 与命名空间映射；
+- Permission、JSON Schema 与 Contribution 集合；
+- Tool 成功、业务错误、结果过大和超时；
+- Agent Runtime 调用 MCP Tool 并写入正式 Trace；
+- Secret/Vault 环境隔离；
+- Server 异常退出、Tool 注销和 Host Restart；
+- 缺少 capability 与无效 MCP Schema；
+- OpenAPI 发布 Host 状态和重启路径。
+
+## 10. 当前边界与后续阶段
+
+阶段 C 不包含：
+
+- Streamable HTTP MCP transport；
+- Resources、Prompts、Sampling、Elicitation 和 MCP Tasks；
+- Plugin Command 与 Settings Contribution；
+- Secret Reference 注入；
+- Plugin Registry 持久化、签名与社区来源校验；
+- 操作系统级沙箱；
+- Tool 列表热更新的无中断替换。
+
+阶段 D 将在当前 Plugin Runtime 上继续增加 Command、Settings、Secret Contract 和命名空间 Storage，不修改 Agent 使用内部 Tool Contract 的原则。

docs/development/前端壳子与接口层开发说明.md

@@ -187,12 +187,12 @@ pnpm build
 ```text
 pnpm build       passed
 pnpm test        27 passed
-uv run pytest    81 passed
+uv run pytest    87 passed
 preview smoke    HTTP 200
 git diff --check passed
 ```
 
-当前前端使用 Vitest 执行 Store、Workspace API Adapter、SSE 恢复游标、文件树、编辑器组件、智能体标签、轻量动效约束、Markdown 对比度 Token、scoped CSS 选择器约束和 Shiki GitHub 双主题测试；`pnpm build` 同时执行 `vue-tsc -b` 与 Vite 生产构建。后端测试出现过 `.pytest_cache` 无法写入的 Windows 权限警告，不影响 81 项测试结果，也不涉及产品代码。
+当前前端使用 Vitest 执行 Store、Workspace API Adapter、SSE 恢复游标、文件树、编辑器组件、智能体标签、轻量动效约束、Markdown 对比度 Token、scoped CSS 选择器约束和 Shiki GitHub 双主题测试；`pnpm build` 同时执行 `vue-tsc -b` 与 Vite 生产构建。后端测试出现过 `.pytest_cache` 无法写入的 Windows 权限警告，不影响 87 项测试结果，也不涉及产品代码。
 
 Vite 当前会提示 Chat 与 Workspace 的部分异步 Chunk 超过 500 kB，这是 Milkdown、CodeMirror、KaTeX 和 Shiki 等编辑/渲染依赖带来的性能优化项，不影响构建成功或功能正确性；进入桌面打包前应通过手动分包或更细粒度动态加载继续优化。
 

docs/development/模型提供商与模型发现开发说明.md

@@ -104,4 +104,4 @@ pnpm build
 
 自动化验证覆盖 Provider 预设、OpenAI-Compatible `/models` 请求与鉴权头、模型映射、前端自动刷新、排序去重及按 Provider 隔离错误。生产构建同时执行 Vue 和 TypeScript 类型检查。
 
-当前完整回归基线：后端 81 项测试、前端 27 项测试通过，前端类型检查和生产构建通过。Provider 配置目前仍保存在内存 Registry，AI Core 重启后需要重新创建；凭据密文会保留。OpenAI Responses 与 Anthropic Messages Adapter 尚未实现，设置页正式预设不会使用这两种协议。
+当前完整回归基线：后端 87 项测试、前端 27 项测试通过，前端类型检查和生产构建通过。Provider 配置目前仍保存在内存 Registry，AI Core 重启后需要重新创建；凭据密文会保留。OpenAI Responses 与 Anthropic Messages Adapter 尚未实现，设置页正式预设不会使用这两种协议。

docs/retrospectives/后端全面审阅问题与修复复盘.md

@@ -4,7 +4,7 @@
 > 审阅范围：FastAPI、Knowledge / Retrieval Core、Agent Core、Extension Core、Provider Adapter、公共接口和后端开发文档。
 > 文档用途：记录问题形成原因、实际影响、修复判断和落地方案，供后续开发文档、比赛材料与技术博客使用。
 
-> 2026-09-01 状态补充：本文记录的缺陷均保持修复。此后又加入 Provider 预设、模型发现、DeepSeek/OpenAI 凭据解析、Fernet 加密存储和 Agent Trace 持久化，当前完整后端回归基线为 81 项测试通过。
+> 2026-09-01 状态补充：本文记录的缺陷均保持修复。此后又加入 Provider 预设、模型发现、DeepSeek/OpenAI 凭据解析、Fernet 加密存储、Agent Trace 持久化和 stdio MCP Plugin Host，当前完整后端回归基线为 87 项测试通过。
 
 ## 1. 审阅结论