添加MCP客户端超时配置和连接管理改进

添加了MCP客户端的超时配置功能，包括启动超时和工具调用超时参数。
改进了HTTP客户端和标准IO客户端的超时处理机制，确保请求在指定时间内完成或取消。
增加了对MCP服务器数量的限制，防止配置过多服务器导致系统不稳定。
增强了错误处理机制，当连接异常时能够正确清理资源并移除桥接主机。
添加了对大型MCP消息的大小验证，防止过大的请求导致系统问题。
优化了密钥更改后的处理流程，确保在修改密钥时停用服务器并要求重新测试。

docs/contracts/第二阶段接口契约-开发版.md

@@ -661,6 +661,7 @@ MCP_SERVER_NOT_FOUND
 MCP_SERVER_NAME_INVALID
 MCP_SERVER_ALREADY_ENABLED
 MCP_SERVER_VERSION_CONFLICT
+MCP_SERVER_LIMIT_REACHED
 MCP_REGISTRY_WRITE_FAILED
 MCP_REGISTRY_INVALID
 MCP_CONNECTION_TEST_REQUIRED
@@ -707,6 +708,8 @@ stdio 配置使用 `command`、`args`、`environment` 和 `secret_environment_ke
 
 创建或编辑配置后，调用方必须向 `/trust` 回传服务端计算的 `command_digest`。后端只接受与当前 Transport、连接参数、环境/Header 及权限完全一致的摘要；配置变化会撤销旧信任和测试结果。只有当前摘要通过 `/test`，才能调用 `/enable`。测试失败也会持久化时间和失败状态。
 
+Secret 明文变化无法进入摘要，因此 Secret 写入和删除采用更严格规则：若 Server 已启用则先停用并注销 Tool，随后清除 `tested_digest` 和最近测试状态。调用方必须用新 Secret 再次执行 `/test`，不能沿用旧凭据的测试结果。
+
 Streamable HTTP 支持 Session ID、`MCP-Protocol-Version`、JSON 或 SSE POST 响应、可选 GET 事件流及 `Last-Event-ID`；旧 SSE 按 endpoint 事件确定 POST 地址，并要求与初始 URL 同源。Secret 接口用 `?kind=environment` 或 `?kind=header` 区分类型。HTTP URL 不允许内嵌凭据或 Fragment，配置不得覆盖协议保留 Header。
 
 stdio 命令始终以 executable 与 args 数组通过 `shell=False` 启动；普通环境变量和加密 Secret 显式注入，不继承 Provider Key、数据库或 Vault 路径。当前 Python Host 仅在 `APP_ENVIRONMENT=development` 时允许启动 stdio；其他环境返回 `403 MCP_SANDBOX_REQUIRED`。远程 HTTP Transport 不创建本机进程，但仍受摘要确认、成功测试、超时、消息限长与 Secret 隔离约束。

docs/development/独立MCP-Server配置中心开发说明.md

@@ -21,6 +21,10 @@ Streamable HTTP 按 MCP 当前规范实现；SSE 仅用于兼容旧 Server，不
 
 Secret 使用带类型和键名哈希的 `mcp.*` 内部 ID 写入 Fernet 凭据存储。API 只返回环境变量或 Header 是否配置，绝不返回明文。删除 Server 或移除 Secret 键会同步清理密文。前端密码框提交后立即清空，不写入 JSON 编辑器、localStorage、普通配置或日志。
 
+跨 Registry 与凭据存储的删除以“失败后可重试”为顺序约束：先原子清理密文，再提交新版本或删除 Registry 记录。凭据存储失败时保留原版本和 Server 记录，避免出现返回 500 但配置已提交、版本无法重试或密文失去清理入口的状态。
+
+写入或删除 Secret 会先停用正在运行的连接、注销动态 Tool，并撤销当前配置的测试通过状态；必须使用新凭据重新测试后才能启用。这样页面展示的凭据状态不会与运行中进程实际持有的旧凭据不一致。
+
 ## 3. 启用与运行时规则
 
 一次连接按以下顺序执行：
@@ -30,8 +34,12 @@ Secret 使用带类型和键名哈希的 `mcp.*` 内部 ID 写入 Fernet 凭据
 3. 只有当前摘要测试成功，启用操作才会启动长期连接并注册 Tool；
 4. 停用、删除、超时或异常退出会注销 Tool 并关闭连接。
 
+运行期连接异常或 Tool 列表变化时，Registry 会在同一生命周期临界区内标记不可用、注销 Tool，并从 Bridge 移除 Host，不保留后台事件线程或 HTTP Client。Secret 写入和删除可能触发该停用流程，因此对应 API 通过工作线程执行，不阻塞 FastAPI 事件循环。
+
 HTTP Header 中 `Host`、`Content-Type`、`MCP-Session-Id` 等协议保留项不可由配置覆盖。URL 不允许内嵌凭据或 Fragment。旧 SSE 返回的 POST endpoint 必须与初始 URL 同源，防止认证 Header 被转发到其他站点。
 
+启动与 Tool 请求超时会同时应用于业务等待和底层 HTTP 请求；旧 SSE 的 endpoint 等待也使用启动超时。非主动结束的旧 SSE 事件流视为 Host 不可用，宿主随后注销 Tool。注册表加载时逐条校验 Server ID、配置字段、Transport 组合和摘要格式，损坏记录统一返回 `MCP_REGISTRY_INVALID`。
+
 stdio 命令不经过 Shell，管道、重定向和命令拼接不会被解释。Windows 使用新进程组并通过 `taskkill /T` 回收子树；POSIX 使用独立 session/process group 并向进程组发信号。Python 阶段仍无法提供文件、网络、系统调用或操作系统版本差异下的绝对隔离保证。
 
 `uvx` 模板使用 `--isolated`、明确的 `--from` 和固定包版本。它只能隔离依赖，不能替代安全沙箱。非开发环境仍拒绝启动 stdio Server，并返回 `403 MCP_SANDBOX_REQUIRED`；远程 HTTP Transport 不创建本机子进程，但仍要求摘要确认和成功测试。第三阶段前的 C.5 将冻结 Tauri/Rust 沙箱设计。