feat(mcp): add standalone server registry

Implement C.1 stdio MCP server CRUD, encrypted environment secrets, command digest approval, connection tests, lifecycle recovery, and dynamic tool registration. Add the standalone frontend configuration center, contracts, regression tests, and development documentation.

docs/contracts/第二阶段接口契约-开发版.md

@@ -47,6 +47,12 @@
 | Agent Trace | GET | `/api/agent/runs/{run_id}/trace` | 已实现 | 分页读取可回放 Trace 快照 |
 | Plugin Host | GET | `/api/plugins/{plugin_id}/host` | 已实现 | 获取 MCP Host 健康状态 |
 | Plugin Host | POST | `/api/plugins/{plugin_id}/host/restart` | 已实现 | 重启异常 Host 并重新发现 Tool |
+| MCP Server | GET/POST | `/api/mcp/servers` | 已实现（C.1/P0） | 列出、创建独立 MCP Server 配置 |
+| MCP Server | GET/PUT/DELETE | `/api/mcp/servers/{server_id}` | 已实现（C.1/P0） | 读取、修改、删除独立配置 |
+| MCP Server | POST | `/api/mcp/servers/{server_id}/trust` | 已实现（C.1/P0） | 确认当前可执行配置摘要 |
+| MCP Server | POST | `/api/mcp/servers/{server_id}/test` | 已实现（C.1/P0） | 隔离启动、握手、发现工具后退出 |
+| MCP Server | POST | `/api/mcp/servers/{server_id}/enable`、`disable` | 已实现（C.1/P0） | 控制 Host 与动态 Tool 生命周期 |
+| MCP Server | PUT/DELETE | `/api/mcp/servers/{server_id}/secrets/{key}` | 已实现（C.1/P0） | 写入或删除加密环境变量 |
 | Plugin Command | GET | `/api/plugin-contributions/commands` | 已实现 | 获取前端可展示的 Command |
 | Plugin Command | POST | `/api/plugin-contributions/commands/{command_id}/execute` | 已实现 | 受控执行 Command |
 | Plugin Settings | GET | `/api/plugins/{plugin_id}/settings` | 已实现 | 获取 Schema 与非敏感配置 |
@@ -647,6 +653,18 @@ MCP_TOOL_SCHEMA_INVALID
 MCP_TOOL_CALL_FAILED
 MCP_TOOL_RESULT_TOO_LARGE
 MCP_TRUST_APPROVAL_REQUIRED
+MCP_TRUST_DIGEST_STALE
+MCP_SANDBOX_REQUIRED
+MCP_TRANSPORT_UNSUPPORTED
+MCP_SERVER_NOT_FOUND
+MCP_SERVER_NAME_INVALID
+MCP_SERVER_ALREADY_ENABLED
+MCP_REGISTRY_WRITE_FAILED
+MCP_SECRET_REQUIRED
+MCP_SECRET_NOT_DECLARED
+MCP_SECRET_STORE_ERROR
+MCP_ENVIRONMENT_INVALID
+MCP_PERMISSION_INVALID
 PLUGIN_COMMAND_NOT_FOUND
 PLUGIN_COMMAND_CONFLICT
 PLUGIN_COMMAND_INVALID
@@ -670,6 +688,14 @@ PLUGIN_STORAGE_ERROR
 CREDENTIAL_NAMESPACE_RESERVED
 ```
 
+### 7.8 独立 MCP Server Registry（C.1）
+
+独立 Server 不依附 Plugin Manifest，配置持久化于 `APP_DATA_DIR/mcp/servers.json`，敏感环境变量只以 `mcp.*` 引用进入加密凭据存储。响应仅返回每个 Secret 是否已配置，不返回明文。动态工具使用 `mcp.{server_id}.{remote_tool}` 命名空间，来源标记为 `mcp_server`，仍通过统一 Tool Registry、Permission Manager 与 Agent Trace。
+
+P0 只真实支持 `stdio`。`streamable_http` 与 `sse` 已作为后续 Contract 枚举保留，但测试或启用会返回 `501 MCP_TRANSPORT_UNSUPPORTED`，前端不可伪装为可用。命令始终以 executable 与 args 数组通过 `shell=False` 启动；普通环境变量和加密 Secret 显式注入，不继承 Provider Key、数据库或 Vault 路径。
+
+创建或编辑配置后，调用方必须向 `/trust` 回传服务端计算的 `command_digest`。后端只接受与当前 transport、command、args、环境变量键值及权限完全一致的摘要；配置变化会撤销旧信任。测试连接同样会实际启动进程，因此也要求确认。当前 Python Host 仅在 `APP_ENVIRONMENT=development` 时允许启动；其他环境返回 `403 MCP_SANDBOX_REQUIRED`，等待第三阶段桌面端沙箱接管。
+
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 ## 8. Provider Adapter 扩展